El actual municipio de Etlatongo, ‘en el pequeño lugar del frijol’ (la pequeña Etla), reconocido en sus documentos con los nombres de Yetlatongo y Yucunduchi ‘cerro de frijol’, fue en el periodo posclásico (950 -1521) un pequeño señorío tributario de los mexicas. En los primeros tiempos de la Colonia, Cortés lo dio en encomienda a Juan de Valdivieso; posteriormente la encomienda pasó a su hijo Francisco de Valdivieso y después a su nieto Juan Vázquez de Valdivieso.
En 1560 el encomendero fue Francisco de Valdivieso. Desde 1553 dependió jurídicamente del corregimiento de Tonaltepec y Soyaltepec; posteriormente, entre 1688-1689, pasó a la jurisdicción de la alcadía mayor de Nochixtlán.
Los diferentes actos jurídicos y sociales que desarrolló el pueblo a lo largo de su historia dieron lugar a la formación de su archivo documental. El cabildo desde muy tempranas fechas asumió la tarea de resguardarlo, especialmente por la presencia de un lienzo o mapa pintado a mano en 1587, que muestra la ubicación de una estancia de ganado denominada Zacualpa Atlautla; así como otros documentos importantes, uno correspondiente a la disputa con Nochixtlán por la estancia denominada Chichiltongo de 1582-1585 y el expediente de la composición de sus tierras realizada entre 1757 y 1759.